UniProt
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| File:Uniprot.gif | |
| 內容 | |
|---|---|
| 獲取的數據類型 | 蛋白質註釋 |
| 有機體(生物) | 所有 |
| 相關信息 | |
| 研究中心 | 英國歐洲分子生物學實驗室-歐洲生物信息研究所(EMBL-EBI)、腳本錯誤:沒有「ilh」這個模塊。、美國腳本錯誤:沒有「ilh」這個模塊。 |
| 主要參考文獻(引用) | 通用蛋白質資源的當前和未來發展[1] |
| 訪問 | |
| 數據格式 | 自定義平面文件、FASTA、腳本錯誤:沒有「ilh」這個模塊。、RDF、XML |
| 網站 | www |
| 下載網址 | www |
| 網絡服務網址 | 是 – JAVA應用程式接口在這裏看到信息&表現層狀態轉換在這裏看到信息 |
| 工具 | |
| 網絡 | 高級搜索,BLAST,ClustalO,批量檢索/下載,ID映射 |
| 其它信息 | |
| 許可 | 創作共用署名-禁止改作 |
| 軟件版本號 | 是 |
| 數據發佈頻率 | 4周一次 |
| 管理政策 | 是 – 手動和自動。 數據庫監護人和計算算法生成的自動註釋規則。 |
| 可否列為書籤 | 是 – 個別蛋白質條目和搜索 |
通用蛋白質資源庫(Template:Langx,混成詞:UniProt),是通過結合瑞士蛋白質數據庫(Swiss-Prot)、歐洲分子生物學實驗室核苷酸序列數據庫與蛋白質翻譯庫(腳本錯誤:沒有「Lang」這個模塊。,縮寫:TrEMBL)和蛋白質信息資源-蛋白質序列數據庫(PIR-PSD)創建的蛋白質數據中央數據庫,一個全面的,高質量的,免費使用蛋白質序列與功能信息數據,許多內容來自基因組計劃,它還包含了大量來自研究文獻的關於蛋白的生物學功能信息。
UniProt共同體[編輯]
UniProt共同體由歐洲生物信息研究所(EBI),腳本錯誤:沒有「ilh」這個模塊。,以及美國腳本錯誤:沒有「ilh」這個模塊。組成。歐洲生物信息研究所坐落於英國腳本錯誤:沒有「ilh」這個模塊。的腳本錯誤:沒有「ilh」這個模塊。,擁有大量的生物信息學數據庫及服務資源。瑞士生物信息研究所位於瑞士的日內瓦,維持腳本錯誤:沒有「ilh」這個模塊。,該系統是一個蛋白質組學工具和數據庫資源中心伺服器的運作。PIR由美國華盛頓特區喬治城大學醫學中心的國家生物醫學研究基金會 (National Biomedical Research Foundation,NBRF) 主辦,是最早的蛋白質序列數據庫,瑪格麗特·戴霍夫於1965年首次出版的《蛋白質序列和結構圖集》(Atlas of Protein Sequence and Structure)。2002年,EBI,SIB和PIR聯合成為UniProt共同體[2]。
UniProt數據庫的根源[編輯]
每個共同體成員都積極參與蛋白質數據庫維護和註釋。 直到最近,歐洲生物信息研究所(EBI)和瑞士生物信息研究所(SIB)一起產生了瑞士蛋白質數據庫(Swiss-Prot)和TrEMBL數據庫,而蛋白質信息資源(PIR)產生了蛋白質序列數據庫(Protein Information Resource-Protein Sequence Database,PIR-PSD)[3][4][5]。 這些數據庫與不同的蛋白質序列覆蓋和註釋優先級共存。
參考文獻[編輯]
- ↑ PMID 21051339(Template:Catalog lookup link)
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外部連結[編輯]
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