Clustal

CLUSTAL
開發者	德斯蒙德·G·希金斯; Fabian Sievers; David Dineen; Andreas Wilm （全為都柏林大學康維研究所員工）;
當前版本	1.2.2 (2016年7月1日，9年前)
原始碼庫	{{URL\|example.com\|可选的显示文本}}; Module:EditAtWikidata第29行Lua錯誤：attempt to index field 'wikibase' (a nil value)
編程語言	C++
引擎	Module:EditAtWikidata第29行Lua錯誤：attempt to index field 'wikibase' (a nil value)
作業系統	UNIX、Linux、MacOS、Microsoft Windows、FreeBSD、Debian
類型	生物信息學工具
許可協議	GNU General Public License, version 2
網站	www.clustal.org/omega/

File:Multiple Sequence Alignment Using ClustalW.jpg

由ClustalW執行的多種生物CDK4蛋白的多重序列比對，箭頭指出位置為點突變

Clustal是一類用於多重序列比對的生物信息學電腦程式^[2]。

版本[編輯]

Clustal軟件有如下幾個版本：

Clustal：最早的版本，由德斯蒙德·G·希金斯在1988年發表^[3]
ClustalV：Clustal的第二個版本，1992年發佈^[4]
ClustalW：Clustal的第三個版本，1994年發佈^[3]
ClustalX：Clustal的第四個版本，1997年發佈^[5]
Clustal2：Clustal的第五個版本，2007年發佈^[6]
ClustalΩ：Clustal的第六個版本，2011年發佈^[7]^[8]

參考資料[編輯]

↑ See file COPYING, in source archive [1] （頁面存檔備份，存於互聯網檔案館）. Accessed 2014-01-15.
↑ Chenna R; Sugawara H; Koike T; Lopez R; Gibson TJ; Higgins DG; Thompson JD. Multiple sequence alignment with the Clustal series of programs. Nucleic Acids Research. July 2003, 31 (13): 3497–500. PMC 168907 可免費查閱. PMID 12824352. doi:10.1093/nar/gkg500.
↑ ^3.0 ^3.1 Higgins DG, Sharp PM. CLUSTAL: a package for performing multiple sequence alignment on a microcomputer. Gene. December 1988, 73 (1): 237–44. PMID 3243435. doi:10.1016/0378-1119(88)90330-7.
↑ Higgins DG, Bleasby AJ, Fuchs R. CLUSTAL V: improved software for multiple sequence alignment. Computer Applications in the Biosciences. April 1992, 8 (2): 189–91. PMID 1591615. doi:10.1093/bioinformatics/8.2.189.
↑ Thompson JD; Gibson TJ; Plewniak F; Jeanmougin F; Higgins DG. The CLUSTAL_X windows interface: flexible strategies for multiple sequence alignment aided by quality analysis tools. Nucleic Acids Research. December 1997, 25 (24): 4876–82. PMC 147148 可免費查閱. PMID 9396791. doi:10.1093/nar/25.24.4876.
↑ Dineen, David. Clustal W and Clustal X Multiple Sequence Alignment. www.clustal.org. [2018-04-24]. （原始內容存檔於2018-04-16）.
↑ Sievers F, Higgins DG. Clustal Omega, Accurate Alignment of Very Large Numbers of Sequences. Russell DJ (編). Multiple Sequence Alignment Methods. Methods in Molecular Biology 1079. Humana Press. 2014-01-01: 105–116. ISBN 9781627036450. PMID 24170397. doi:10.1007/978-1-62703-646-7_6 （English）.
↑ Sievers F, Higgins DG. Clustal Omega 48. John Wiley & Sons, Inc. 2002-01-01: 3.13.1–16. ISBN 9780471250951. PMID 25501942. S2CID 1762688. doi:10.1002/0471250953.bi0313s48 （English）. |journal=被忽略 (幫助)

外部連結[編輯]

Clustal Homepage （頁面存檔備份，存於互聯網檔案館） (free Unix/Linux, Mac, and Windows download)
Clustal Omega mirror at the EBI （頁面存檔備份，存於互聯網檔案館）

[1] See file COPYING, in source archive [1] （頁面存檔備份，存於互聯網檔案館）. Accessed 2014-01-15.

[Chenna2003-2] Chenna R; Sugawara H; Koike T; Lopez R; Gibson TJ; Higgins DG; Thompson JD. Multiple sequence alignment with the Clustal series of programs. Nucleic Acids Research. July 2003, 31 (13): 3497–500. PMC 168907 可免費查閱. PMID 12824352. doi:10.1093/nar/gkg500.

[pmid3243435-3] 3.0 ^3.1 Higgins DG, Sharp PM. CLUSTAL: a package for performing multiple sequence alignment on a microcomputer. Gene. December 1988, 73 (1): 237–44. PMID 3243435. doi:10.1016/0378-1119(88)90330-7.

[pmid1591615-4] Higgins DG, Bleasby AJ, Fuchs R. CLUSTAL V: improved software for multiple sequence alignment. Computer Applications in the Biosciences. April 1992, 8 (2): 189–91. PMID 1591615. doi:10.1093/bioinformatics/8.2.189.

[Thompson1997-5] Thompson JD; Gibson TJ; Plewniak F; Jeanmougin F; Higgins DG. The CLUSTAL_X windows interface: flexible strategies for multiple sequence alignment aided by quality analysis tools. Nucleic Acids Research. December 1997, 25 (24): 4876–82. PMC 147148 可免費查閱. PMID 9396791. doi:10.1093/nar/25.24.4876.

[6] Dineen, David. Clustal W and Clustal X Multiple Sequence Alignment. www.clustal.org. [2018-04-24]. （原始內容存檔於2018-04-16）.

[7] Sievers F, Higgins DG. Clustal Omega, Accurate Alignment of Very Large Numbers of Sequences. Russell DJ (編). Multiple Sequence Alignment Methods. Methods in Molecular Biology 1079. Humana Press. 2014-01-01: 105–116. ISBN 9781627036450. PMID 24170397. doi:10.1007/978-1-62703-646-7_6 （English）.

[8] Sievers F, Higgins DG. Clustal Omega 48. John Wiley & Sons, Inc. 2002-01-01: 3.13.1–16. ISBN 9780471250951. PMID 25501942. S2CID 1762688. doi:10.1002/0471250953.bi0313s48 （English）. |journal=被忽略 (幫助)

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[8]

閱論編生物信息學
數據庫	測序數據庫：GenBank、European Nucleotide Archive（英語：European Nucleotide Archive）、日本DNA數據庫(DDBJ) 輔助數據庫：UniProt, database of protein sequences grouping together Swiss-Prot, TrEMBL 和蛋白質信息資源（英語：Protein Information Resource）其它數據庫：蛋白質資料庫, Ensembl, 和InterPro（英語：InterPro）專項基因組數據庫：酵母基因組數據庫（英語：Saccharomyces Genome Database）、FlyBase、VectorBase（英語：VectorBase）、PomBase、WormBase（英語：WormBase）、PHI-base（英語：PHI-base）、擬南芥信息資源（英語：The Arabidopsis Information Resource）與斑馬魚信息網（英語：Zebrafish Information Network）
軟件	BLAST Bowtie Clustal EMBOSS（英語：EMBOSS） HMMER（英語：HMMER） MUSCLE SAMtools（英語：SAMtools） TopHat（英語：TopHat (bioinformatics)）
其它	伺服器：ExPASy（英語：ExPASy）本體論：基因本體
機構	歐洲生物信息研究所(EMBL-EBI) 歐洲分子生物學實驗室(EMBL) 美國國家生物技術信息中心（NCBI）瑞士生物信息學研究所（英語：Swiss Institute of Bioinformatics）日本國立遺傳學研究所博德研究所維康桑格研究所斯克里普斯研究所(TSRI)
文件格式	FASTA格式 FASTQ格式斯德哥爾摩格式（英語：Stockholm format）
有關議題	計算生物學分子系統發生學測序序列比對
File:Symbol category class.svg 分類 File:Commons-logo.svg 維基共享

開發者	德斯蒙德·G·希金斯 Fabian Sievers David Dineen Andreas Wilm （全為都柏林大學康維研究所員工）
當前版本	1.2.2 (2016年7月1日，9年前（2016-07-01）)
原始碼庫	`{{URL\|example.com\|可选的显示文本}}` Module:EditAtWikidata第29行Lua錯誤：attempt to index field 'wikibase' (a nil value)
編程語言	C++
引擎	Module:EditAtWikidata第29行Lua錯誤：attempt to index field 'wikibase' (a nil value)
作業系統	UNIX、Linux、MacOS、Microsoft Windows、FreeBSD、Debian
類型	生物信息學工具
許可協議	GNU General Public License, version 2^[1]
網站	www.clustal.org/omega/

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