CTCF

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轉錄阻抑物CTCF，也被稱為11鋅指蛋白或CCCTC結合因子，是由人類CTCF基因編碼的轉錄因子^[1]^[2]。CTCF參與多個細胞進程，包括轉錄調控、絕緣子活性調控、V(D)J重組、染色質結構調控等^[3]^[4]。

發現[編輯]

CTCF最早被認為在雞體內抑制c-myc基因表達。CTCF蛋白和以CCCTC為核心序列的三個規則間隔重複蛋白相結合，故得名CCCTC結合因子^[5]。

功能[編輯]

CTCF的主要功能是調控染色質的3D結構^[4]。CTCF和DNA雙鏈結合形成染色質環，並把DNA錨定在細胞結構上（例如核纖層）^[6]。此外，CTCF還能充當常染色質和異染色質的邊界。

DNA的3D結構會影響基因的調控，因此CTCF的活性會影響基因表達。絕緣子能阻礙增強子和啟動子的結合，而CTCF是絕緣子的主要活性部分^[5]。

已觀測到的活性[編輯]

CTCF的結合有多種效應。目前尚不能確定下列功能是直接由CTCF導致。

轉錄調控[編輯]

CTCF對於IGF2的抑制起重要作用。具體機制為CTCF和H19基因的基因銘印（ICR）區域、差異甲基化區域-1（DMR-1）和MAR3區域結合^[7]。

絕緣子[編輯]

CTCF能通過和目標區域結合以阻礙增強子和啟動子的相互作用，從而降低增強子對某些功能域的調控能力^[8]。除此之外，CTCF還能作為染色質「路障」，阻止異染色質的進一步形成。

染色質結構調控[編輯]

CTCF往往以二聚體的形式存在，這會導致DNA形成環狀結構。CTCF也經常在DNA和核纖層的結合處出現。使用ChIP-seq技術可以發現CTCF同黏連蛋白一起在基因組內廣泛存在，並對染色質的高級結構起調節作用^[9]^[10]^[11]。

RNA剪切調控[編輯]

CTCF對mRNA剪切有調控作用^[12]。

與DNA結合[編輯]

CTCF和共有序列CCGCGNGGNGGCAG相結合。這條序列在其結構域中有11個鋅指結構。CTCF和基因的結合被CpG的甲基化所影響^[13]^[14]。

CTCF在19個細胞系中大約有55000個共同的DNA結合位點（共77811個獨特位點）。CTCF能和不同的鋅指結構結合，這讓它的功能非常多樣化。大約有30000個CTCF的位點功能已經被定義。在人類的不同細胞中大約有15000-40000個CTCF結合位點。除此之外，高分辨率的核小體比對現實CTCF的不同結合位點可能和核小體的定位有關^[15]^[16]^[17]^[18]。

蛋白互作[編輯]

CTCF可能和Y box結合蛋白1有相互作用^[19]。黏連蛋白對CTCF形成的環狀結構有穩定作用^[20]。

參考[編輯]

衍生閱讀[編輯]

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發現[編輯]

功能[編輯]

已觀測到的活性[編輯]

轉錄調控[編輯]

絕緣子[編輯]

染色質結構調控[編輯]

RNA剪切調控[編輯]

與DNA結合[編輯]

蛋白互作[編輯]

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