AMBER力場
| 原作者 | Peter Kollman, David Case, Tom Cheatham, Ken Merz, Adrian Roitberg, Carlos Simmerling, Ray Luo, Junmei Wang, Ross Walker |
|---|---|
| 開發者 | UCSF |
| 首次發布 | 2002年 |
| 當前版本 | |
| 原始碼庫 |
|
| 程式語言 | C, C++, Fortran 95 |
| 引擎 | |
| 作業系統 | Windows, OS X, Linux, Unix, CNK |
| 平台 | x86, Nvidia GPU, Blue Gene |
| 文件大小 | 視情況 |
| 語言 | 英語 |
| 類型 | 分子動力學 |
| 許可協議 | Amber: 專有軟體 AmberTools: GPL, 公有領域, 其它開源軟體 |
| 網站 | ambermd |
AMBER力場是在生物大分子的模擬計算領域有著廣泛應用的一個分子力場。開發這個力場的是Peter Kollman課題組，最初AMBER力場是專門為了計算蛋白質和核酸體系而開發的，計算其力場參數的數據均來自實驗值，後來隨著AMBER力場的廣泛應用，包括Kollman在內的很多課題組對AMBER力場的內容不斷進行豐富，逐漸開發出了一個可以用於生物大分子、有機小分子和高分子模擬計算的力場體系。但是總體來講，AMBER力場的優勢在於對生物大分子的計算，其對小分子體系的計算結果常常不能令人滿意。
AMBER力場的勢能函數形勢較為簡單，所需參數不多，計算量也比較小，這是這個力場的一大特色，但也在一定程度上限制了這個力場的擴展性。本力場用諧振子模型計算鍵長伸縮能和鍵角彎轉能，用傅立葉級數的形式來描述二面角扭轉能，選用Lennard-Jones勢來模擬范德華力；用庫侖公式來描述靜電相互作用，其勢能表達式為[1]：
<math> V_{(r^N)}=\sum_{bonds} \frac{1}{2} k_b (l-l_0)^2 + \sum_{angles} \frac{1}{2} k_a (\theta - \theta_0)^2 + \sum_{torsions} \frac{1}{2} V_n [1+cos(n \omega- \gamma)] +\sum_{j=1} ^{N-1} \sum_{i=j+1} ^N \left\{4\epsilon_{i,j}\left[\left(\frac{\sigma_{ij}}{r_{ij}} \right)^{12} - \left(\frac{\sigma_{ij}}{r_{ij}} \right)^6 \right]+ \frac{q_iq_j}{4\pi \epsilon_0 r_ij}\right\} </math>
現在有很多主流計算軟體包應用了AMBER力場，其中除了Kollman課題組開發的AMBER軟體之外，還有Insight II、Sybyl、Cerius2、MOE和HyperChem等。
參見[編輯]
參考資料[編輯]
- ^ Cornell WD, Cieplak P, Bayly CI, Gould IR, Merz KM Jr, Ferguson DM, Spellmeyer DC, Fox T, Caldwell JW, Kollman PA. A Second Generation Force Field for the Simulation of Proteins, Nucleic Acids, and Organic Molecules. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117: 5179–5197. doi:10.1021/ja00124a002.
| 編輯 | 分子力場 | |