imported>王炯浜来自 2025年10月30日 (四) 10:11

2025-10-30T10:11:57Z

新页面

{{NoteTA
|G1=IT
|G2=Science
}}
{{infobox biodatabase
|title = 通用蛋白质资源库<br/>UniProt
|logo = Uniprot.gif
|description =
|scope = 蛋白质注释
|organism = 所有
|center =英国[[欧洲生物信息研究所|欧洲分子生物学实验室-欧洲生物信息研究所（EMBL-EBI）]]、{{le|瑞士生物信息研究所|Swiss Institute of Bioinformatics|瑞士生物信息研究所（SIB）}}、美国{{le|蛋白质信息资源|Protein Information Resource|蛋白质信息资源（PIR）}}
|laboratory =
|author =
|pmid = 通用蛋白质资源的当前和未来发展<ref name="pmid21051339">{{cite pmid|21051339}}</ref>
|released =
|standard =
|format = 自定义平面文件、[[FASTA格式|FASTA]]、{{le|通用特征格式|General feature format|GFF}}、[[資源描述框架|RDF]]、[[XML]]
|url = {{URL|www.uniprot.org}}
|download = {{URL|www.uniprot.org/downloads}}&用於下載完整的數據集{{URL|ftp.uniprot.org}}
|webservice = 是 – [[Java|JAVA]][[应用程序接口]]{{URL|www.ebi.ac.uk/uniprot/remotingAPI/|在這裡}}看到信息&[[表現層狀態轉換]]{{URL|www.uniprot.org/faq/28|在這裡}}看到信息
|sql =
|sparql =
|webapp = 高級搜索，[[BLAST (基因测序)|BLAST]]，[[Clustal]]O，批量檢索/下載，ID映射
|standalone =
|license = [[創作共用]]署名-禁止改作
|versioning = 是
|frequency = 4周一次
|curation = 是 – 手動和自動。數據庫監護人和計算算法生成的自動註釋規則。
|bookmark = 是 – 個別蛋白質條目和搜索
|version =
}}
'''通用蛋白质资源库'''（{{langx|en|'''Uni'''versal '''Pro'''tein resource|translation=通用／联合蛋白质资源}}，[[混成词]]：'''UniProt'''），是通过结合瑞士蛋白质数据库（Swiss-Prot）、欧洲分子生物学实验室核苷酸序列数据库与蛋白质翻译库（{{lang|en|'''Tr'''anslation of '''E'''uropean '''M'''olecular '''B'''iology '''L'''aboratory nucleotide sequence database}}，缩写：'''TrEMBL'''）和蛋白质信息资源-蛋白质序列数据库（PIR-PSD）创建的[[蛋白质]]数据中央[[数据库]]，一个全面的，高质量的，免费使用[[肽序列|蛋白质序列]]与功能信息数据，许多内容来自[[基因组计划]]，它还包含了大量来自研究文献的关于蛋白的生物学功能信息。

==UniProt共同体==
UniProt共同体由[[欧洲生物信息研究所]]（EBI），{{le|瑞士生物信息研究所|Swiss Institute of Bioinformatics|瑞士生物信息研究所（SIB）}}，以及美国{{le|蛋白质信息资源|Protein Information Resource|蛋白质信息资源（PIR）}}组成。欧洲生物信息研究所坐落于英国{{le|欣克斯顿|Hinxton}}的{{le|惠康基因组园区|Wellcome Genome Campus|惠康信任基因组园区}}，拥有大量的生物信息学数据库及服务资源。瑞士生物信息研究所位于瑞士的日内瓦，维持{{le|ExPASy|ExPASy|专家蛋白质分析系统}}，该系统是一个[[蛋白质组学]]工具和数据库资源中心服务器的运作。PIR由美国华盛顿特区乔治城大学医学中心的国家生物医学研究基金会 (National Biomedical Research Foundation，NBRF) 主办，是最早的蛋白质序列数据库，玛格丽特·戴霍夫于1965年首次出版的《蛋白质序列和结构图集》（''Atlas of Protein Sequence and Structure''）。2002年，EBI，SIB和PIR联合成为UniProt共同体<ref>{{cite web|url=http://www.genome.gov/page.cfm?pageID=10005283|title=2002 Release: NHGRI Funds Global Protein Database|author=|date=|website=National Human Genome Research Institute (NHGRI)|accessdate=14 April 2018|archive-url=https://web.archive.org/web/20150924040602/http://www.genome.gov/page.cfm?pageID=10005283|archive-date=2015-09-24|dead-url=yes}}</ref>。

==UniProt数据库的根源==
每个共同体成员都积极参与蛋白质数据库维护和注释。直到最近，欧洲生物信息研究所（EBI）和瑞士生物信息研究所（SIB）一起产生了瑞士蛋白质数据库（Swiss-Prot）和TrEMBL数据库，而蛋白质信息资源（PIR）产生了蛋白质序列数据库（Protein Information Resource-Protein Sequence Database，PIR-PSD）<ref name="pmid12230036">{{Cite journal
| doi = 10.1093/bib/3.3.275
| last1 = O'Donovan | first1 = C.
| last2 = Martin | first2 = M. J.
| last3 = Gattiker | first3 = A.
| last4 = Gasteiger | first4 = E.
| last5 = Bairoch | first5 = A.
| last6 = Apweiler | first6 = R.
| title = High-quality protein knowledge resource: SWISS-PROT and TrEMBL
| journal = Briefings in Bioinformatics
| volume = 3
| issue = 3
| pages = 275–284
| year = 2002
| pmid = 12230036
}}</ref><ref name="pmid12520019">{{Cite journal
| last1 = Wu | first1 = C. H.
| last2 = Yeh | first2 = L. S.
| last3 = Huang | first3 = H.
| last4 = Arminski | first4 = L.
| last5 = Castro-Alvear | first5 = J.
| last6 = Chen | first6 = Y.
| last7 = Hu | first7 = Z.
| last8 = Kourtesis | first8 = P.
| last9 = Ledley | first9 = R. S.
| last10 = Suzek | first10 = B. E.
| last11 = Vinayaka | first11 = C. R.
| last12 = Zhang | first12 = J.
| last13 = Barker | first13 = W. C.
| title = The Protein Information Resource
| journal = Nucleic Acids Research
| volume = 31
| issue = 1
| pages = 345–347
| year = 2003
| pmid = 12520019
| pmc = 165487 | doi=10.1093/nar/gkg040
}}</ref><ref name="pmid12520024">{{Cite journal
| last1 = Boeckmann | first1 = B.
| last2 = Bairoch | first2 = A.
| last3 = Apweiler | first3 = R.
| last4 = Blatter | first4 = M. C.
| last5 = Estreicher | first5 = A.
| last6 = Gasteiger | first6 = E.
| last7 = Martin | first7 = M. J.
| last8 = Michoud | first8 = K.
| last9 = O'Donovan | first9 = C.
| last10 = Phan | first10 = I.
| last11 = Pilbout | first11 = S.
| last12 = Schneider | first12 = M.
| title = The SWISS-PROT protein knowledgebase and its supplement TrEMBL in 2003
| doi = 10.1093/nar/gkg095
| journal = Nucleic Acids Research
| volume = 31
| issue = 1
| pages = 365–370
| year = 2003
| pmid = 12520024
| pmc =165542
}}</ref>。这些数据库与不同的[[蛋白質一級結構|蛋白质序列]]覆盖和注释优先级共存。

== 参考文献 ==
{{Reflist}}

==外部链接==
{{Wikidata property|P352}}
{{div col|2}}
*[http://www.uniprot.org UniProt]{{Wayback|url=http://www.uniprot.org/ |date=20150603040545 }}
* [http://www.ensemblgenomes.org Ensembl genomes]{{Wayback|url=http://www.ensemblgenomes.org/ |date=20200813005453 }}
* [http://vega.sanger.ac.uk/ Vega]{{Wayback|url=http://vega.sanger.ac.uk/ |date=20051210134415 }}
* [https://www.ncbi.nlm.nih.gov NCBI]{{Wayback|url=https://www.ncbi.nlm.nih.gov/ |date=20171229183102 }}
* [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/refseq/ RefSeq]{{Wayback|url=https://www.ncbi.nlm.nih.gov/refseq/ |date=20060411030133 }}
* [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/CCDS/CcdsBrowse.cgi CCDS] {{Wayback|url=https://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/CCDS/CcdsBrowse.cgi |date=20210312100958 }}
* [http://insdc.org/ INSDC] {{Wayback|url=http://insdc.org/ |date=20220412230904 }}
{{div col end}}

{{Bioinformatics}}

[[Category:蛋白质数据库]]
[[Category:蛋白质组学]]

UniProt - 版本历史

imported>王炯浜 来自 2025年10月30日 (四) 10:11

imported>王炯浜来自 2025年10月30日 (四) 10:11