imported>Ohtashinichiro：使用HotCat已移除Category:生物学

2025-09-14T11:08:06Z

新页面

{{otheruse}}
'''Nexus文件'''是一种[[生物信息学]]中常用的[[文件格式]]。很多[[软件]]使用或者识别这种格式，例如[[PAUP*]]和MacClade。

== 语法 ==
注解：使用“[]”。位于“[”和“]”之间的文字将被软件忽略，作为注解用。

文件采用“块”的方式来组织信息。每一个块的语法结构为：

<code>
BEGIN 块的名称； 
END;
</code>

== 基本块结构 ==

=== DATA ===
例如： 
<code>
begin data; 
dimensions ntax=5 nchar=600; 
format interleave datatype=DNA missing=N gap=-; 
end; 
</code> 
ntax表示[[分类单位]]的数量，nchar表示数据的长度，上面这个例子里的含义是DNA有600个[[碱基]]长度。数据类型，datatype是[[DNA]]。另外可以定义缺失信息和缺口用什么字符表示。

=== PAUP或软件自定义块 ===
有些软件可以识别特定的块，供自己特殊使用。例如PAUP block可以用来控制[[PAUP*]]。[[MrBayes]]也可以有自己的块。常用这些软件自定义块来进行[[批处理]]。

=== 树 ===
Nexus文件里面可以包含[[种系发生树]]信息。例如： 
<code>tree PAUP_1 = [&U]（((1:0,2:0.001674,3:0.001670):0.001658,4:0.003371):0.012438,(((5:0.003348,6:0.005043):0.001668,7:0.005031):0.003351,8:0):0.009545,9:0.564416); 
End;
</code> 
阅读NEXUS格式的系统进化树文件，可以使用[[TreeView]]软件。也可以使用TreeGraph<ref>{{cite web |url=http://www.math.uni-bonn.de/people/jmueller/extra/treegraph/ |title=存档副本 |accessdate=2006-11-17 |deadurl=yes |archiveurl=https://web.archive.org/web/20070522221741/http://www.math.uni-bonn.de/people/jmueller/extra/treegraph/ |archivedate=2007-05-22 }}</ref>软件将其转换成[[SVG]]格式。

== 外部链接 ==
* [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?cmd=Retrieve&db=PubMed&list_uids=11975335&dopt=Citation 描述NEXUS文件格式的论文（英文）]

== 注释 ==
<references />

[[Category:生物信息學]]

Nexus - 版本历史

imported>Ohtashinichiro：​使用HotCat已移除Category:生物学

imported>Ohtashinichiro：使用HotCat已移除Category:生物学