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2025-12-20T11:39:55Z

清理跨語言連結CP2K、GROMACS、LAMMPS、AMBER成為內部連結:編輯摘要的紅色連結經繁簡轉換後存在，非bot錯誤編輯 (本次機械人作業已完成8.3%)

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{{Prose|time=2025-12-13T17:51:57+00:00}}
{{Infobox software
| name = Ascalaph Designer
| screenshot = [[File:DNA-in-Ascalaph-Designer.png|250px|Ascalaph Designer 顯示 DNA 分子模型的範例]]
| caption = Ascalaph Designer 圖形化分子建模與模擬介面
| developer = Agile Molecule
| author = Alexey（Alexei）Nikitin
| released = 2006年（Agile Molecule 網站版權標示）
| latest release version = 1.8.94
| latest release date = 2015-12-03
| programming language = [[C++]]、[[Fortran]]
| operating system = [[Microsoft Windows|Windows]]；[[Linux]]（透過 {{link-en|Wine|Wine}}；另有較舊的 Linux 原生版本）
| genre = [[分子建模]]、[[分子力學]]、[[分子動力學]]、{{link-en|Quantum chemistry|Quantum chemistry}}、{{link-en|Molecular graphics|Molecular graphics}}
| license = [[GNU通用公眾授權條款|GNU GPL]] v2
| website = {{URL|https://sourceforge.net/projects/asc-designer/}}（專案頁）／{{URL|https://www.biomolecular-modeling.com/Ascalaph/}}（官方頁）
}}

'''Ascalaph Designer''' 是一套自由及開源的桌面分子建模與模擬軟體，由 Agile Molecule 開發，主要作者為 Alexey（Alexei）Nikitin。<ref name="SF">{{Cite web |title=Ascalaph Designer |url=https://sourceforge.net/projects/asc-designer/ |website=SourceForge |access-date=2025-12-13}}</ref><ref name="CNET">{{Cite web |title=Ascalaph Designer for Windows |url=https://download.cnet.com/ascalaph-designer/3000-6677_4-75813031.html |website=CNET Download.com |access-date=2025-12-13}}</ref>
它在單一 [[圖形使用者介面]]（GUI）中整合分子建模與視覺化、分子力學/分子動力學（MM/MD）、以及藉由外部量子化學程式（例如 [[CP2K]] 與 {{link-en|Firefly (PC GAMESS)|Firefly (PC GAMESS)}}）進行的量子化學計算工作流程。<ref name="CNET" />

== 版本與平台支援 ==
* '''最新公開版本'''：1.8.94（2015-12-03）。<ref name="DBpedia">{{Cite web |title=About: Ascalaph Designer |url=https://dbpedia.org/page/Ascalaph_Designer |website=DBpedia |access-date=2025-12-13}}</ref>
* '''授權'''：[[GNU通用公眾授權條款|GNU GPL]] v2。<ref name="SF" />
* '''作業系統'''：官方主要提供 Windows 版本；官方亦提及可在 Linux 透過 Wine 執行，並曾提供較舊的 Linux 原生版本。<ref name="Purchase">{{Cite web |title=Purchase Molecular Modeling tools |url=https://www.biomolecular-modeling.com/Purchase.html |website=biomolecular-modeling.com |access-date=2025-12-13}}</ref>
* SourceForge 專案頁顯示最後更新日期為 2016-02-08。<ref name="SF" />

== 功能與特性 ==
=== 分子建模與視覺化 ===
Ascalaph Designer 提供多視窗分子圖形顯示與互動式建模工具，包括常見的線框、棒狀、球棒、CPK 等表示法，以及晶體/鏈構建等建模與幾何編輯工具。<ref name="CNET" />

=== 幾何最佳化與分子動力學（MD） ===
* 幾何最佳化：支援以共軛梯度法等方法進行分子幾何優化。<ref name="CNET" />
* 分子動力學：支援多時間步長整合（multiple time step integration）與四階積分（fourth order integration）。<ref name="CNET" />
* 溶劑模型：提供彈性 SPC 水模型（Flexible SPC water model）與隱式水模型（implicit water model）。<ref name="SF" /><ref name="CNET" />
* 叢集/超級電腦：可配合 {{link-en|MDynaMix|MDynaMix}} 進行計算。<ref name="CNET" />

=== 量子化學整合 ===
Ascalaph Designer 可透過外部程式（如 CP2K 與 Firefly/PC GAMESS）進行能量、幾何優化與由靜電勢導出的電荷（potential derived charges）等量子化學相關工作。<ref name="CNET" />

== 技術架構 ==
SourceForge 專案資訊指出 Ascalaph Designer 使用 OpenGL 與 Qt 作為使用者介面技術，主要以 C++ 與 Fortran 開發。<ref name="SF" />

== 學術應用 ==
下列研究工作中明確提及使用 Ascalaph Designer 進行建模、量子化學計算或分子動力學模擬：

* 在《Carbohydrate Research》研究中，用 Ascalaph Designer 構建黏液分子與二氧化矽表面結構，並搭配 Firefly 計算電荷，後續以 AMBER94 力場與隱式水條件進行分子動力學模擬。<ref name="Sanka2017">{{Cite journal
|last1=Sanka |first1=Immanuel
|last2=Suyono |first2=Eko Agus
|last3=Alam |first3=Parvez
|title=The effects of diatom pore-size on the structures and extensibilities of single mucilage molecules
|journal=Carbohydrate Research
|year=2017
|volume=448
|pages=35–42
|doi=10.1016/j.carres.2017.05.014
}}</ref>

* 在《Zoology》研究中，作者以 Ascalaph Designer 建立黏液相關化合物並以 Firefly/PC GAMESS 進行 ab initio 計算，後續進行分子動力學交互作用模擬。<ref name="Wicaksono2016">{{Cite journal
|last1=Wicaksono |first1=Adhityo
|last2=Hidayat |first2=Saifullah
|last3=Damayanti |first3=Yudithia
|last4=Jin |first4=Desmond Soo Mun
|last5=Sintya |first5=Erly
|last6=Retnoaji |first6=Bambang
|last7=Alam |first7=Parvez
|title=The significance of pelvic fin flexibility for tree climbing fish
|journal=Zoology
|year=2016
|volume=119
|pages=511–517
}}</ref>

* 在《European Polymer Journal》研究中，作者明確指出分子動力學模擬使用 Ascalaph Designer。<ref name="Pahlevan2018">{{Cite journal
|last1=Pahlevan |first1=Mahdi
|last2=Alam |first2=Parvez
|last3=Xia |first3=Rui
|last4=Toivakka |first4=Martti
|title=Self-assembled semi-crystallinity at parallel β-sheet blocks of spider silk-inspired long-chain proteins
|journal=European Polymer Journal
|year=2018
|volume=103
|pages=97–107
}}</ref>

=== 相關的分子動力學引擎文獻 ===
* {{link-en|MDynaMix|MDynaMix}} 的方法與程式設計曾以 Computer Physics Communications 論文形式發表（DOI: 10.1016/S0010-4655(99)00529-9）。<ref name="MDynaMixCPC">{{Cite web
|title=M.DynaMix – a scalable portable parallel MD simulation package for arbitrary molecular mixtures (dataset record)
|url=https://elsevier.digitalcommonsdata.com/datasets/9r84hxpd2b/1
|website=Elsevier Data Repository
|access-date=2025-12-13
}}</ref>

== 參見 ==
* [[分子動力學]]
* [[計算化學]]
* [[分子建模]]
* {{link-en|MDynaMix|MDynaMix}}
* [[AMBER]]
* [[GROMACS]]
* [[LAMMPS]]
* {{link-en|NWChem|NWChem}}
* {{link-en|ORCA (quantum chemistry program)|ORCA}}
* [[CP2K]]
* {{link-en|Firefly (PC GAMESS)|Firefly}}

== 外部連結 ==
* {{URL|https://www.biomolecular-modeling.com/Ascalaph/}}（官方頁）
* {{URL|https://www.biomolecular-modeling.com/Purchase.html}}（官方下載/版本資訊頁）
* {{URL|https://sourceforge.net/projects/asc-designer/}}（SourceForge 專案頁）

== 註釋 ==
{{Reflist}}

[[Category:計算化學軟體]]
[[Category:分子模擬軟體]]
[[Category:自由科學軟體]]

Ascalaph Designer - 版本历史

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