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=== 1998年－2000年 ===
1998年2月11日，第14張單曲〈[[向西向東]]〉發行，A面曲被用作電視劇《{{link-ja|閃亮的人生》|きらきらひかる (郷田マモラ)}}的主題曲。這時樂團仍處於休息狀態，所以沒有進行現場表演宣傳單曲和參與[[音樂影片]]的演出。在同年10月21日，樂團正式重聚，並發行第15張單曲〈[[無盡的旅程]]〉，被用作電視劇《{{link-ja|大女生日記|殴る女}}》的主題曲。這首歌一直是最受Mr.Children歌迷歡迎的歌曲之一，[[Oricon]]指出其激勵性的歌詞是原因之一。

1999年1月13日，Mr.Children發行其第16張單曲〈[[向光映射的地方]]〉。同年2月3日發行第7張專輯《[[DISCOVERY (Mr.Children專輯)|DISCOVERY]]》。<!--Sakurai compared his approach to the songwriting for the record to surfing:
{{cquote|There is a way of riding on waves, not only on big waves, but also small waves. Look at it to see how to catch it. It's something similar to composing.}}-->
11天後，以這張專輯為名的巡迴演唱會「Mr.Children Concert Tour '99 DISCOVERY」，於1999年2月13日至7月11日期間舉行，在16個城市共辦了42場演唱會。在巡迴演唱期間，第17張單曲〈[[I'LL BE (Mr.Children單曲)|I'LL BE]]〉發行。A面曲〈I'LL BE〉曾收錄在專輯《DISCOVERY》中，原為〈[[I'll be]]〉，後將曲子改成輕快版本再次發行。這張單曲未能延續以往的成功，為樂團自〈[[CROSS ROAD (Mr.Children單曲)|CROSS ROAD]]〉以來銷量最低的。除此之外，在巡迴演唱會時，他們亦製作了一張現場專輯，名為《[[1/42]]》（意即42場演唱會的其中之一），於同年9月8日限量500,000張發行。專輯內大部分的音軌都來自6月26日在[[真駒内屋内競技場]]的演出，Bonus Track〈[[想擁抱你 (Mr.Children單曲)|想擁抱你]]〉則是取自[[沖繩縣]][[宜野灣市]]海濱公園野外劇場的演出。

踏入[[千禧年]]，第18張單曲〈[[口笛]]〉於2000年1月13日發行。這張單曲的銷量相比起〈I'LL BE〉高出很多，為724,070張。8月9日，他們發行了第19張單曲〈[[NOT FOUND (單曲)|NOT FOUND]]〉，其中A面曲被用作電視劇《{{link-ja|浪漫巴士站|バスストップ (テレビドラマ)}}》的主題曲。一個月後，第9張原創專輯《[[Q (專輯)|Q]]》。樂團特意為這張專輯的錄音工作前往[[紐約]]，其中他們重新錄製了一些[[獨立音樂|獨立時期]]的歌曲，製作人[[小林武史]]亦有參與錄音的樂器演奏。唱片封面是由Size, Inc在美國[[邦納維爾鹽窪地]]拍攝的。<ref>{{en icon}}{{cite web | url=http://www.americanpopularculture.com/archive/sports/salt_flats.htm | title="The Perfect Backdrop": Uses of the Bonneville Salt Flats | work=Americana | date=2006-01 | accessdate=2012-05-04 | archive-date=2020-09-24 | archive-url=https://web.archive.org/web/20200924020658/https://www.americanpopularculture.com/archive/sports/salt_flats.htm | dead-url=no }}</ref>由於與當時正處於人氣巔峰的滨崎步的《Duty》同日發行，故未取得週排行冠軍，且專輯的銷量不太理想，為樂團自《[[Atomic Heart (专辑)|Atomic Heart]]》以來首張銷量未能超過百萬的專輯。在2000年10月14日至2001年2月23日期間，Mr.Children舉行巡迴演唱會「Mr.Children Concert Tour Q 2000-2001」，於13個城市共有35場演唱會。