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=== 回歸世嘉部門（2004年至2008年）===
2004年7月1日重新與世嘉公司整合，成為旗下的一個開發部門至今。當時隸屬於新成立的「世嘉全球娛樂開發研究第一部」（{{langx|ja|セガ第一GE研究開発部}}，{{langx|en|Sega Global Entertainment R&D Dept. 1}}，簡稱「世嘉GE1」）旗下開發部門，而Sonic Team USA更名為「世嘉美國開發部」（Sega Studios USA），亦因為世嘉與日本柏青哥製造商[[颯美]]（Sammy）公司合併而回歸母公司，內部的員工除了增加颯美以外還多了些新人，但卻有多數老鳥離職，此舉導致Sonic Team後續的遊戲逐漸失去原有的水準。實際上，在合併計畫之前就有不少玩家批評Sonic Team的遊戲漸偏劣質。

2006年5月8日，Sonic Team主導中裕司帶著十位同仁離開了世嘉，成立了獨立的遊戲開發公司「[[PROPE]]」（2017年4月起成為只有中裕司的一人公司<ref>{{cite web|title=Yuji Naka On Prope's Status: Downsized To One-Person Company|url=https://www.siliconera.com/yuji-naka-on-propes-status-downsized-to-one-person-company/|website=Siliconera|access-date=25 March 2019|archive-date=2022-11-29|archive-url=https://web.archive.org/web/20221129040244/https://www.siliconera.com/yuji-naka-on-propes-status-downsized-to-one-person-company/|dead-url=no}}</ref>，至2022年底因涉嫌參與股票內幕交易被捕而解散<ref name="latimes">{{Cite news |last=Saad |first=Nardine |date=2022-11-18 |title='Sonic the Hedgehog' co-creator Yuji Naka arrested on suspicion of insider trading |work=[[Los Angeles Times]] |url=https://www.latimes.com/entertainment-arts/story/2022-11-18/yuji-naka-arrested-insider-trading-sonic-dragon-quest |accessdate=2022-12-08 |archive-date=2023-01-15 |archive-url=https://web.archive.org/web/20230115014319/https://www.latimes.com/entertainment-arts/story/2022-11-18/yuji-naka-arrested-insider-trading-sonic-dragon-quest |dead-url=no }}</ref><ref>{{Cite news |date=2022-12-07 |title=Former Sonic boss Yuji Naka re-arrested, as fresh insider trading allegations emerge |language=en-gb |work=Eurogamer.net |url=https://www.eurogamer.net/former-sonic-boss-yuji-naka-re-arrested-as-fresh-insider-trading-allegations-emerge |access-date=2022-12-07 |archive-date=2022-12-12 |archive-url=https://web.archive.org/web/20221212225118/https://www.eurogamer.net/former-sonic-boss-yuji-naka-re-arrested-as-fresh-insider-trading-allegations-emerge |dead-url=no }}</ref>）。