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=== 基督教===
基督教被創立初期，[[使徒 (基督教)|使徒]]坦然承認奉行古猶太教的「異端」<ref name="bible1" />；在第一世紀的[[早期基督教]]發展時期，教內已出現「各樣的異端」影響其[[信仰]]發展。<ref>{{Bible|以弗所書|4|14}}記載説：「使我們不再作小孩子，中了人的詭計和欺騙的法術，被一切異教之風搖動，飄來飄去，就隨從各樣的異端。」</ref>在其後悠長的發展歷史中，「異端」一詞總是由某一教義論者斥責另一教派者時所使用，語境下存有負面含意。歷史上，某些基督教的異端份子，時而被定為異端，時而卻被定為正統，有的甚至被個別教派奉之為聖人。

公元325年的[[第一次尼西亞公會議]]中，開始以[[大公會議]]來判定何為異端的教派及思想，用以解決[[教義]]紛爭。但凡不服從者，俱被定為異端的支持者。異端之判定往往受不同內在因素與外在因素影響，其中包括哲學思想、宗教勢力、政治、個人主張與個別教派立場等。現普遍基督教認定異端的共同點，是對於被視為正統基督教的道理並非完全反對，但卻將之擴大解釋，視之為[[真理]]的全部。其解釋方式或推論，甚至可能將《[[聖經]]》所主張的真理摒棄。信奉異端道理的人可能被誤認或自視為[[基督徒]]，卻奉行或宣揚《聖經》以外的啟示。其慣常技倆通常是在《聖經》外加上其他更具權威的事物，藉[[宗教人物]]、其中[[典籍|經籍]]或人為傳統信條等事物歪曲經文意義，只使用符合其立場的部分。<ref>{{Cite book|title=異端學|last=卓|first=明煥|publisher=財團法人基督教橄欖文化事業基金會|others=張漢業譯|year=1989|isbn=|location=台北|pages=4}}</ref><ref>{{Cite book|title=宗教、異教和異端十講|last=哈隆文|first=|publisher=真理書室|year=2002|isbn=|location=美國|pages=16}}</ref><ref>{{Cite book|title=異端辨惑|last=蘇|first=穎智|publisher=恩福製作中心|year=1995|isbn=|location=香港|pages=101-103}}</ref>

====東西教會大分裂====
在1054年[[天主教會]]與[[東正教會]]大分裂之前，[[大公會議]]往往會認定并譴責某些異端思想或教派。其中主要有：
* [[幻影說]]
* [[嗣子說]]：主張耶穌完全是一個[[人類]]，並不是神。
* [[亞流主義]]： 認為《[[聖經]]》的啟示說明[[耶穌]]次於[[聖父|天父]]。
* [[亚玻里拿留派]]： 此派的認為耶穌基督僅有人類的身體和[[魂]]，沒有人類的[[灵 (基督教)|靈]]。
* [[神格唯一論]]： 一種早期基督教神學的主張，強調[[基督教的神|上帝]]是[[一位论派|唯一]]的。
* [[基督一性論]]： 認為耶穌在取得肉身後，其人性、神性得到了統一
* [[基督一志論]]
* [[孟他努主義]]
* [[聶斯托利派]]： 主張耶穌基督的人性與神性分離。
* {{le|歐迪奇主義|Eutychianism}}
* [[諾斯底主義]]
* [[伯拉糾主義]]：認為人是[[性惡]]的，但否定人有[[原罪]]。
* [[半伯拉糾主義]]
* [[撒伯流主義]]：又稱聖父受苦說，認為聖子耶穌就是聖父本尊，因而被針在十字架上受苦的就是聖父。
====天主教會與異端====
《[[天主教法典]]》（1983年版）第751條宣稱：「所謂異端，是在領洗後，固執地否認某些天主所啟示和教會所定該信的真理，或是固執地懷疑這些道理。」

在古代，閱讀禁書者可能會被視為異端，有時會連帶發生對於新學術思想的打擊活動。

自基督教大分裂事件發生之後，天主教會與東正教會都稱對方為異端。此外，天主教會更曾設立[[異端裁判所|宗教裁判所]]對被視為異端的人包括[[新教]]信徒提出關於补赎的要求和作出處罚。在現代，在[[普世教會合一運動]]的推動下，許多天主教基督徒已不再稱屬於其他教派的基督徒為分裂者或異端份子，而改稱他們為「分袂的弟兄」（Separated brethren）。

在《基督教兄弟會的意義》一書中，拉辛格[[樞機]]（即之後的教宗[[本篤十六世]]）寫道：

{{Quote|text=給出答案的難度是深遠的。歸根結底，這是因爲在天主教思想中沒有一個合適的類別來描述當今的新教的現象（也可以説它與東方分離教會之間的關係是這樣的）。很明顯，舊的“異端”類別已經沒有任何價值了。對於聖典及早期教會來説，異端包含個人決定反對教會統一這個想法，異端的特點是頑固，即以自己個人的方式堅持的人的頑固性。然而，這不能被視爲對新教基督徒精神狀況的適當描述。在現在已經有幾個世紀的歷史中，新教對實現基督教信仰一事做出了重要貢獻，在基督教信息的發展中發揮了積極作用，最重要的是，它常常在非天主教個體當中引出真誠的和深刻的信仰，這些個體與天主教確認的分離與異端特有的頑固無關。也許我們可以在這裡反駁[[聖奧古斯丁]]的一句話：   舊的分裂會變成異端。時間的流逝本身就改變了分離的性質，因此舊的分離與新的分離本質上是不同的。曾經被正確地譴責爲異端的東西，後來不可能簡單地變成真確的，但它可以逐漸發展出自己的積極教會性質，個人被呈現爲他的教會，並且以信徒 而非異端 的身份生活在其中。然而，這樣一個羣體的組織最終會對整體產生影響。因此，結論是不可避免的：   今天的新教與傳統意義上的異端不同，這種現象的真正神學地位尚未被確定<ref name="XVI1993">{{cite book|title=The Meaning of Christian Brotherhood|url=https://archive.org/details/meaningofchristi0000bene|year=1993|publisher=Ignatius Press|isbn=9780898704464|page=[https://archive.org/details/meaningofchristi0000bene/page/88 88]|first=Joseph|last=Ratzinger}}</ref>。}}

====新教與異端====
新教曾被天主教視為異端<ref>{{Cite web |title=新教和東正教在天主教角度是否算作「異端」？ |url=https://askfrfrancis.org/qa/do-protestants-and-orthodox-churches-count-as-heretics-from-a-catholic-perspective |website=Ask Fr Francis |language=zh |author=程明聰 |access-date=2025-06-01}}</ref>，但自近代起，天主教對於新教的態度已經變得比較溫和<ref>{{Cite web |title=我從國外網友文章得知國外信徒不同派系間有強烈的對立意識。如果我成為天主教友，是否不能涉足基督教的活動行為? |url=https://askfrfrancis.org/qa/if-i-become-a-catholic-can-i-not-get-involved-in-other-christian-activities |website=Ask Fr Francis |language=zh |author=程明聰 |access-date=2025-06-01}}</ref>，但新教的部份信徒或新教的某些教派會因天主教基督徒所認可的某些觀點而視之為異端<ref>{{Cite web |title=天主教是否異端 |url=http://www.fundamentalbook.com/article91.htm |work= |date= |language=zh |author= |url-status=dead |archive-url=https://web.archive.org/web/20170923125019/http://www.fundamentalbook.com/article91.htm |archive-date=2017-09-23 |accessdate=2017-12-28 |publisher=基要書室 為神的道 |dead-url=}}</ref>，例如「[[圣母升天|聖母升天說]]」沒有被《[[聖經]]》提及，但天主教及東正教的基督徒都認可此說，其說法背後所代表的「對[[馬利亞 (耶穌的母親)|聖母瑪利亞]]的敬崇」相關問題也是[[基督教神學]]中最為敏感的課題之一<ref>{{Cite web |title=Jesus never told us to pray to Mary. Jesus is the great intercessor and we prayed to him as the great intercessor to reach God. Nowhere in the Bible it says to pray to Mary. If it’s not in the Bible and we should not believe it. You can hope and pray to the Saints and Mary is more powerful but that’s just my belief that is not biblical. |url=https://askfrfrancis.org/qa/jesus-never-told-us-to-pray-to-mary |website=Ask Fr Francis |language=en-US |author=Ming Chung Ching |access-date=2025-06-01 |archive-date=2025-06-24 |archive-url=https://web.archive.org/web/20250624045953/https://askfrfrancis.org/qa/jesus-never-told-us-to-pray-to-mary |dead-url=no }}</ref>。另一方面，天主教把新教的部份觀點視為異端邪說，例如天主教認為新教所提出的「[[唯独圣经|唯獨《聖經》]]」的相關說法就不符合《聖經》所給予的教誨，其也認為新教對部份[[聖禮|聖事]]的忽視是非常錯誤的<ref>{{Cite web |title=東正教，天主教，基督教有哪些不同? |url=https://askfrfrancis.org/qa/what-are-the-differences-between-orthodox-catholic-and-protestantism |website=Ask Fr Francis |language=zh |author=程明聰 |url-status=live |access-date=2025-06-01}}</ref>。

新教內，凡自認為正統的[[基督教教派|教派]]不時會指摘某些人或教派為異端，亦出現互指為異端之情況。最明显分歧如[[基督教基要主义|基要神學]]的支持者，堅持耶穌為童女所生、肉體復活、升天、[[因信稱義]]和聖經無誤的基要五點，譴責[[自由主義神學]]思潮為異端。現代的個別基督教教派仍會批判某些基督教名义組織為異端，並通過著書及講道去達其[[基督教辨惑學|護教]]目的。在現今中國，[[呼喊派]]、[[重生派|全範圍教會]]、[[三赎基督|門徒會]]、[[灵灵教|靈靈教]]、[[觀音法門 (新興宗教)|觀音法門]]、[[三班仆人|三班僕人]]、[[新約教會]]、[[全能神教會|東方閃電]]、[[安商洪上帝教會]]、[[耶和華見證人]]、統一教、[[香港基督教錫安教會]]、[[衛理聖潔會]]、[[新序教會]]等教<ref>{{Cite web|url=http://www.gospelherald.com.hk/news/gen_938.htm|title=判別是否異端 回到聖經去|accessdate=2017-12-28|author=|date=|work=|publisher=基督日報(香港)|archive-date=2021-04-22|archive-url=https://web.archive.org/web/20210422002116/http://www.gospelherald.com.hk/news/gen_938.htm|dead-url=no}}</ref>被傳統基督教稱為異端。

在香港成立於2008年的[[新興宗教關注事工]]<ref>{{Cite web|url=https://www.cgner.org/aboutus/|title=新興宗教關注事工．關於我們|}}</ref>以研究、教育、輔導三個方向為使命，幫助香港基督徒分辨及提防異端。