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=== 第二次入狱 -- 共产党统治时期 ===
1949年9月2日，华岗抵达[[青岛]]，与[[向明]]（时任军管会主任）相遇。谈话中，[[向明]]得知华岗要去[[北平]]赴任，便极力挽留。华岗当时肠溃疡发作，经请示中央，暂留青岛养病。从1950年1月起，华岗以教授身份为[[山东大学]]讲授“社会发展史”，还定期为山大师生做关于“学习共同纲领”的报告。1950年11月，[[华东大学]]与[[山东大学]]准备合并，[[周恩来]]总理打电话与华岗交换意见，征得他的同意之后，1951年3月，中央任命华岗为合并后的[[山东大学]]校长兼党委书记<ref>{{cite web |url=https://www.view.sdu.edu.cn/info/1018/200115.htm |title=史述山大：山大华大合校记 }}</ref>，同时兼任《哲学研究》编委，同年5月，创办《[[文史哲 (期刊)|文史哲]]》杂志并任社长<ref>{{cite web |url=https://www.sdxc.gov.cn/rdtj/202105/t20210511_8471331.htm |title=《文史哲》：薪火相传七十载 }}</ref>。

1953年6月，当选中国共产党青岛市委常委。<ref>{{cite web |url=http://qdsq.qingdao.gov.cn/n15752132/n20546827/n20631800/n26129949/n26130018/26464671.html |title=中共青岛市委员会的由来 |deadurl=yes |archiveurl=https://web.archive.org/web/20140505112314/http://qdsq.qingdao.gov.cn/n15752132/n20546827/n20631800/n26129949/n26130018/26464671.html |archivedate=2014-05-05 |accessdate=2014-05-05 }}</ref>1954年，当选[[第一届全国人民代表大会]]代表。同年，[[中国史学会]]公布第一届理事会名单，[[郭沫若]]担任主席，[[吴玉章]]、[[范文澜]]担任副主席，他担任理事<ref>{{Cite book|title=观点 历史2004|last=[[钱蓉]]主编|publisher=福州：[[福建人民出版社]]|year=2005.06|isbn=7-211-05020-9|pages=6}}</ref><ref>{{Cite book|title=邵循正先生百年诞辰纪念文集 续编|last=[[戴学稷]]，徐如编|year=2009.11|pages=301}}</ref><ref>{{Cite book|title=1955人民手册|last=[[张蓬舟]]，[[张仪郑]]编辑|publisher=大公报社|year=1955.01|pages=417}}</ref>。史学会成立后，即着手编辑《[[中国近代史资料丛刊]]》，由[[徐特立]]、[[范文澜]]、[[翦伯赞]]、[[陈垣]]、[[郑振铎]]、[[向达]]、[[胡绳]]、[[呂振羽|吕振羽]]、华岗、[[邵循正]]、白寿彝为总编辑委员<ref>{{Cite book|title=中国通史 第11卷 近代前编（1940-1919） 上|last=白寿彝总主编|publisher=上海：上海人民出版社|year=2004.07|isbn=7-208-04997-1|pages=68-69}}</ref><ref>{{Cite book|title=中国通史 19 第11卷 近代前编 1840-1919 上|last=白寿彝总主编；[[周远廉]]，[[龚书铎]]主编|publisher=上海：[[上海人民出版社]]|year=2015.06|isbn=978-7-208-13000-5|pages=56-57}}</ref>。

1955年8月，身为全国人大代表、青岛市委委员、[[山东大学]]校长兼党委书记的华岗，以“[[胡风反革命集团]]分子”和“[[向明]]反党集团成员”的罪名被共产党当局逮捕。<ref>{{cite web |url=http://qkzz.net/magazine/1005-4154/2005/02/132431.htm |title=《文史精华》2005年第02期《山东大学校长华岗这案内情》 |accessdate=2009-09-19 |archive-date=2009-09-24 |archive-url=https://web.archive.org/web/20090924034225/http://qkzz.net/magazine/1005-4154/2005/02/132431.htm |dead-url=no }}</ref>华岗的夫人[[谈滨若]]先被隔离在单位“运动”，不能回家，后因“包庇华岗”的罪名，被开除中国共产党党籍，行政连降四级。1956年4月， 青岛市第一届人民代表大会第三次会议决定，撤销[[王少庸]]、华岗的山东省第一届人民代表大会代表资格。<ref>{{cite web |url=http://rdcwh.qingdao.gov.cn/n8146584/n8152501/n8153515/n8362653/8363055.html |title=青岛市第一届人民代表大会第三次会议记录 |deadurl=yes |archiveurl=https://web.archive.org/web/20140505105222/http://rdcwh.qingdao.gov.cn/n8146584/n8152501/n8153515/n8362653/8363055.html |archivedate=2014-05-05 |accessdate=2014-05-05 }}</ref>1957年秋，华岗被转押北京[[功德林监狱]]，1960年转押至[[秦城监狱]]，在狱中完成了《[[美学论要]]》和《[[规律论]]》。

1962年中国共产党纠正了一些左的倾向，“[[向明]]反党集团”的成员到1963年已先后甄别，向明已获释放。“[[胡风反革命集团]]”也已定案，经查，华岗与此集团的“反党活动”毫无关系。1965年3月19日，经报中央批准，以莫须有的罪名判处华岗有期徒刑13年，剥夺政治权利7年。年底，62岁的华岗被押往[[济南]]山东省监狱服刑，这正是他30多年前曾被国民政府关押过的地方。1968年8月24日，是华岗应被释放的日子，但他却仍被继续关押着。直到1970年，军管会才于3月5日签发了释放令，给他办理了刑满释放手续，但仍不许走出监狱，将他安排到了监狱里的就业队。长达15年的狱中生活，彻底摧毁了他的健康，他已身患多种疾病，又缺乏起码的医疗和营养，终于病倒在床，失去了自理能力。1971年1月，他终于被送往青岛家中，责令家人负责看护。

1972年初，临近春节，华岗病情恶化，但在[[青岛]]被政府限制不得就医，于是只得重回[[济南]]，要求医疗，到了[[济南]]进医院的要求仍被拒绝。3月，夫人不顾一切地请假到[[济南]]看望他，继续要求送他住院治疗，还是未被批准。夫人日夜守护着他，他时而昏迷，时而清醒，反复地说：“我一生无愧于党……我的问题总有一天会搞清楚的……历史将证明我无罪！”4月，华岗的病情进一步恶化，才被送进医院，但不允许家属陪护，夫人被迫返回青岛。5月17日，华岗在[[济南]]医院去世，华岗留下了最后的遗言：“历史会证明我是清白的。”死亡诊断书上写着：“患[[脑溢血]]死亡”。