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==與SARS-CoV-2的比較==
RmYN02病毒與[[嚴重急性呼吸道症候群冠狀病毒2型]]（SARS-CoV-2）的全[[基因组]][[核酸]]序列相似度為93.3%{{Notetag|1=RmYN01病毒與與SARS-CoV-2的相似度則為79.7%<ref name="ZhouChen2020"/>。}}，稍低於[[RaTG13病毒]]與SARS-CoV-2的相似度96.2%。RmYN02病毒與SARS-CoV-2基因組的多數區域相似度均高於96%，兩者複製酶1ab的核酸序列相似度為97.2%，是已知複製酶與SARS-CoV-2最相似的病毒。但兩病毒刺突蛋白（S）基因的核酸和胺基酸序列相似度分別只有71.8%與72.9%，其中與宿主細胞受體[[血管紧张素转化酶2]]（ACE2）結合的[[受體結合結構域]]（receptor binding domain, RBD）胺基酸序列相似度僅有62.4%。相較之下，RaTG13和SARS-CoV-2刺突蛋白核酸與胺基酸的相似度分別為92.9%與97.4%<ref name="ZhouChen2020"/>。

和[[严重急性呼吸道综合征冠状病毒|SARS-CoV]]、SARS-CoV-2、RaTG13與穿山甲冠狀病毒相較之下，RmYN02病毒的RBD有兩段序列缺失，可能會影響其與宿主細胞受體ACE2的結合能力。而SARS-CoV-2的RBD中與ACE2結合所需的6個關鍵胺基酸中{{Notetag|1=[[白胺酸]]455、[[苯丙胺酸]]486、[[麩醯胺酸]]493、[[天門冬醯胺]]501與[[酪氨酸]]505<ref name="AndersenRambaut2020">{{cite journal|last1=Andersen|first1=Kristian G.|last2=Rambaut|first2=Andrew|last3=Lipkin|first3=W. Ian|last4=Holmes|first4=Edward C.|last5=Garry|first5=Robert F.|title=The proximal origin of SARS-CoV-2|journal=Nature Medicine|year=2020|issn=1078-8956|doi=10.1038/s41591-020-0820-9}}</ref>。}}，RmYN02與RaTG13皆只有一個位點和SARS-CoV-2的相同，2019年發現的穿山甲冠狀病毒（pangolin/GD/2019）和SARS-CoV-2全基因組序列的相似度雖較低，但兩者RBD的胺基酸序列相似度高達97.4%，且6個關鍵位點的胺基酸均與SARS-CoV-2相同<ref name="ZhouChen2020"/>。

SARS-CoV-2的刺突蛋白S1、S2次單元間有一[[脯胺酸]]-[[精胺酸]]-精胺酸-[[丙胺酸]]（PRRA）的插入序列，不見於類似的病毒中，此序列可被[[弗林蛋白酶]]切割而增加感染效率，[[2019冠状病毒病阴谋论#武漢實驗室释放与洩露論|有觀點]]認為此插入不尋常，可能顯示SARS-CoV-2是人工於實驗室中製造的產物，而非自然產生。RmYN02病毒在該區有一脯胺酸-丙胺酸-丙胺酸（PAA）的插入序列，是相關病毒中除SARS-CoV-2外唯一具有插入序列者，雖序列與其不同，應是獨立演化而來，但該序列的存在顯示此類插入序列可在野外自然發生<ref name="ZhouChen2020"/><ref>{{cite web|url=https://www.sciencedaily.com/releases/2020/05/200511142202.htm|title=A close relative of SARS-CoV-2 found in bats offers more evidence it evolved naturally|publisher=Science Daily|date=2020-05-11|access-date=2021-01-17|archive-date=2022-02-18|archive-url=https://web.archive.org/web/20220218102927/http://www.sciencedaily.com/releases/2020/05/200511142202.htm}}</ref>。

以病毒全基因組序列繪製的[[系統發生樹]]顯示RmYN02與SARS-CoV-2的關係最接近，共同組成一個[[演化支]]；以複製酶序列繪製的系統發生樹中RmYN02和RaTG13為一演化支；以S基因與RBD序列繪製的系統發生樹中RmYN02與SARS-CoV-2的關係則較遠。這些病毒中各區域序列的相似度不一致，顯示它們可能曾發生基因重組<ref name="ZhouChen2020"/>。

===演化樹===
{{SARS-CoV-2 related coronavirus}}