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=== 注册表 ===
像Windows NT一样，Windows 9x把用户和配置特定的设定储存在一个大型的、被称为Windows[[注册表]]的信息数据库。硬件特定的设定也存于注册表中，且很多设备驱动器都使用注册表来加载配置数据。此前的Windows版本使用如[[AUTOEXEC.BAT]]、{{le|CONFIG.SYS}}、{{le|WIN.INI}}、[[SYSTEM.INI]]的文件及其它带有.INI后缀的文件来维持配置设定。当Windows日趋复杂并纳入更多的特性时，.INI文件们对当时的FAT文件系统无疑显得笨重至极。对.INI文件的兼容维持直到Windows XP的出现。

尽管微软不鼓励使用.INI文件以代替注册表的使用，但仍有大量的应用程序（尤其是基于16位Windows的程序）使用.INI文件。Windows 9x支援.INI文件仅仅是为了兼容这些程序及相关工具（譬如安装程序）。AUTOEXEC.BAT及CONFIG.SYS文件也继续存在以兼容实模式系统组件并允许用户更换默认系统设定，譬如PATH环境变量。

注册表由User.dat及System.dat文件组成。在Windows Me中，又加入了Classes.dat。